Fen Bilimleri Bölüm Başkanlığının temel amacı; Hava Harbiyelileri, teknik dersleri takip edebilecek, muhakeme edebilecek, soyut düşünebilecek, soyut fikirleri somut düşünceye uygulayabilecek nitelikte yetiştirip, onlara gerekli olan temel bilgileri vererek teknik alt yapılarını oluşturmaktır.

Bu çerçevede, Fen Bilimleri Bölüm Başkanlığının vazifesi ise; derslerin uygulanması, Hava Harbiyelilerin değerlendirilmesi, laboratuvarların düzenlenmesi, üniversitelerle diyalog kurulması, öğretim üyesi temin ve yetiştirilmesi için teklifte bulunulmasıdır.

Hava Harp Okulunda eğitim gören Hava Harbiyeliler, Hava Kuvvetlerinin bir parçası olarak görevlendirildikleri  yurtiçi ve yurtdışı tüm görevlerde, edindikleri bilgi birikimlerinden faydalanmaktadırlar. Eğitim gördükleri Hava Harp Okulunda Fen Bilimleri Bölüm Başkanlığı tarafından verilen dersler sayesinde üst düzey düşünme becerileri ve analitik düşünce anlayışı kazanmaktadırlar. Bilimsel düşünme kabiliyeti kazanan Pilot Adayı Hava Harbiyeliler, Hava Kuvvetlerinin ihtiyaçlarını etkin bir şekilde karşılamaktadırlar. Aldıkları teorik akademik eğitimin yanı sıra uygulamalı laboratuvar dersleriyle öğrendiklerini pekiştirmektedirler.

Laboratuvar Olanakları

Fen Bilimleri Bölüm Başkanlığı tarafından birinci sınıflara ikinci yarıyılda,ikinci sınıflara birinci yarıyılda verilen Fizik-I, ve Fizik- II derslerinin her kısım için haftalık 2 saat laboratuvar uygulaması yapılmaktadır.Bölüm laboratuvar açısından değerlendirildiğinde Fizik laboratuvarı Fizik-I, ve Fizik- II dersinin deneysel uygulamalarını karşılamaktadır. Fizik-I dersinin uygulaması olarak 10 adet mekanik ile ilgili deney, Fizik- II dersinin uygulaması olarak 10 adet elektrik ve manyetizma ile ilgili deneyler yapılmaktadır.Fizik laboratuvarında ölçü aletleri,deney setleri ve 10 adet bilgisayar mevcuttur.Deneyler simülasyonlar ile desteklenmektedir.